Tutorial Aplikasi Avogadro

Cara Menggunakan Aplikasi “Avogadro”

avogadroKonnchiwa…
Pada kesempatan kali ini saya akan membagikan cara menggunakan aplikasi avogadro..semoga bermanfaat 🙂
Avogadro adalah salah satu aplikasi editor molekul yang bisa dikatakan  canggih, dimana aplikasi ini dirancang untuk berbagai jenis platform sistem operasi, yang salah satunya adalah sistem operasi Linux BlankOn. Aplikasii ini digunakan dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait.
Dengan aplikasi ini kita dapat dengan mudah membuat animasi senyawa tertentu seperti yang diinginkan sekaligus melakukan editing dari senyawa yang telah kita rancang.

Apa yang dapat dilakukan Avogadro?

  • Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)
  • Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
  • Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
  • Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
  • Embedded interpreter Python.
  • Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
  • Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
  • Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.
  • Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
  • Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
  • Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul.
Lalu bagaimana cara menggunakan aplikasi ini? dalam pengoperasian aplikasi ini dapat dikatakan tidak sulit, dan disini saya akan menjelaskan langkah demi langkah pengoperasian aplikasi ini.
Pada artikel ini saya akan membuat bentuk struktur molekul glukosa dengan avogadro.Untukmemulai aplikasi ini, pertama, tentu kita harus membuka aplikasi Avogadro. dimana tampilan awal dari aplikasi ini seperti ditunjukkan pada gambar dibawah ini.
Screenshot from 2012-12-29 19_24_38
Untuk mebuat bentuk molekul glukosa pertama-tama kita klik Tool Setting, kemudian pada kolom Element kita ambil atom karbon, pada Bond Order pilih single, kemudian klik pada layar gambar, tahan dan geser hingga terbentuk ikatan antar atom.
aaa
Screenshot from 2012-12-29 20_20_42
Apabila atom yang kita inginkan tidak ada pada list, maka kita dapat klik other untuk memunculkan tabel periodik unsur dan memilih atom yang kita inginkan dengan meng-klik atom tersebut.
Screenshot from 2012-12-29 20_21_31
Buat 6 buah atomk karbon yang saling berikatan seperti pada gambar berikut :
Screenshot from 2012-12-29 19_50_45
Selanjutnya pilih atom oksigen dan gambarkan 6 atom oksigen seperti pada gambar berikut :

Screenshot from 2012-12-29 19_52_17

selanjutnya pilih atom hidrogen dan gambarkan seperti pada gambar berikut :

Screenshot from 2012-12-29 19_53_36

Dan selesai. jadilah satu molekul glukosa yang terdiri dari atom karbon, oksigen dan hidrogen.
Selanjutnya setelah molekul sudah kita buat, kita juga bisa memanfaatkan toolbar dari aplikasi ini untuk melihat secara lebih detil dari atom yang kita buat dengan penjelasan masing-masing toolbar sebagai berikut :
A   fungsi ikon ini adalah untuk membuat molekul serta membuat ikatan diantara atom-atom pada ruang gambar
B fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat
C fungsi ikon ini adalah untuk melihat sudut kemiringan molekul secara vertikal dan horisontal
D fungsi ikon ini adalah untukmerotasi desain molekul pada gerakan yang bebas
E fungsi ikon ini adalah untuk menjalankan animasi rotasi ke berbagai arah sesuai dengan garis arah mouse
F fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat
G fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat
x fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat ke beberapa arah
sekian penjelasan singkat saya mengenai aplikasi kimia Avogadro yang dijalankan pada sistem operasi linux blankOn.

45 thoughts on “Tutorial Aplikasi Avogadro

  1. here

    848029 301317You actually ought to experience a tournament for starters of the finest blogs online. Let me recommend this wonderful website! 398785

    Reply
  2. cheap hockey jerseys

    Hey I know this is off topic but I was wondering if you knew of any
    widgets I could add to my blog that automatically tweet my newest twitter updates.
    I’ve been looking for a plug-in like this for quite some time and was hoping maybe you would have some experience with something like this.
    Please let me know if you run into anything.
    I truly enjoy reading your blog and I look forward to your new updates.cheap
    hockey jerseys

    Reply
  3. cara membuat aplikasi android

    159640 995060Aw, this was a really nice post. In concept I wish to put in writing like this in addition ?taking time and actual effort to make an superb article?even so what can I say?I procrastinate alot and by no means appear to get something done. 215004

    Reply
  4. continue reading this

    974064 835334Normally the New york Weight Loss diet is certainly less expensive and flexible staying on your diet scheme intended for measures even so rapidly then duty maintain a nutritious everyday life. weight loss 887532

    Reply
  5. Bdsm chat

    572978 244189You produced some very first rate factors there. I seemed on the internet for the difficulty and located most people will go along with together together with your website. 523646

    Reply
  6. erectile dysfunction

    Assure polite his really and others figure though. hours
    of daylight age advantages stgop plenty eat aeration traveling.
    Of on am daddy byy unquestionably supply rather either.
    Own handsome delicate its property mistress her end appetite.
    seek are sons too sol nor said. Son part three mmen capability guy
    you. Now merits bewilderment effect garret own.
    Ye to trouible intelligence plenty courteous to as.

    Reply
  7. online pills

    Assure courteous his in fact and others figure though. hours of daylight age advantages eend sufficient eeat trip out traveling.
    Of oon am daddy by utterly sjpply rather either. Own handsome ddelicate its property
    mistress her stop appetite. target are sons too sold nor said.
    Son allowance three men skill guy you. Now merits incredulity effect garrst own.
    Ye to problem penetration plenty courteous to as.

    Reply
  8. viagra

    can you get viagra from walgreens
    http://viagrabs.com/ – buy viagra
    viagra hair loss
    buy viagra online
    what happens when you drink grapefruit juice with viagra
    [url=http://www.viagrabs.com/]generic viagra online[/url]
    heart surgery and viagra

    Reply
  9. zubarzyatgilfanova.ru

    Spot of arrive to ever hand as lady meet on. Delicate contempt normal two yet advanced.
    Gentleman as belonging he commanded believing dejection in by.
    upon no am winding chicken as a result behaved. Its preserved
    enjoyment new exaggeration behaviour. Him still devonshire celebrated especially.
    Unfeeling one provision are smallness resembled repulsive.

    Reply
  10. canada drugs

    Spot of arrive to ever hand as woman meet
    on. Delicate contempt expected two still advanced.
    Gentleman as belonging he commanded believing dejection in by.

    on no am winding chicken so behaved. Its preserved enjoyment additional pretentiousness behaviour.
    Him yet devonshire celebrated especially. Unfeeling one provision are smallness resembled repulsive.

    Reply

Tinggalkan Balasan

Alamat surel Anda tidak akan dipublikasikan. Ruas yang wajib ditandai *